Katedra za botaniko - Skupina za eksperimentalno botaniko / Laboratory for experimental botany

Raziskovalno delo

Učbeniki

Povezave

Več na angleški strani /
More on the English site...
Laboratory for Experimental Botany

Kdo smo?
Kaj delamo?
Mikroskop
Analiza slike
Objave v zadnjih petih letih

Skupina za eksperimentalno botaniko je del programske skupine Biologija rastlin.

V skupini za eksperimentalno botaniko delamo:

Kaj vse delamo:

merimo velikost genoma rastlin in endoreduplikacijo (mikrodenzitometrija)
merimo razvoj rastlinskih organov (povezava med velikostjo genoma, velikostjo celic in ekspresijo encimov)
spremljamo vpliv težkih kovin na metabolizem rastlin in ekologijo rastlin
merimo poškodbe DNA zaradi vpliva genotoksičnih snovi (kometni test)
spremljamo potek programirane celične smrti v razvoju koruznega zrna
z analizo slike merimo taksonomske znake pri rastlinah
molekularna analiza linusitina, proteina iz lanu, povezanega s patogenezo

Mikroskop je naš glavni merilni inštrument. Opremljen je takole:

objektivi 2.5x, 10x, 40x, 63x (oljni), 100x (oljni)
barvna video kamera (8-bitna, ločljivost 768x576)
barvna digitalna kamera (12-bitna, ločljivost 1300x1030)
presevna osvetlitev: 100W halogenska žarnica; svetlo polje, temno polje, fazni kontrast
fluorescenca: 50W živosrebrna žarnica; ekscitacijski filtri UV (01 - DAPI), moder (09 - FITC) in zelen (15 - Rodamin), vsi longpass emisija, proizvajalec Carl Zeiss
programsko okolje za zajem in analizo slike (KS400, Carl Zeiss Vision)
program za zajem in osnovno analizo slike (AxioVision, Carl Zeiss Vision)

Več o mikroskopiji na Oddelku za biologijo

Več o našem mikroskopu...

mikroskop z digitalno kamero

Analiza slike je naša glavna metoda:

mikrodenzitometrija - kvantitativno merjenje obarvanosti jeder s Schiffovim reagentom, rezultat je relativna količina DNA v jedrih
3D rekonstrukcija rastlinskih organov (endosperm in koreninska čepica koruze)
na področju analize slike sodelujemo tudi z drugimi skupinami na Oddelku za biologijo (zoologija, ekologija rastlin, biokemija)

Za pregledovanje PDF datotek potrebujete Adobe Reader ali prosti Sumatra PDF viewer

Objave v zadnjih petih letih:

Tomáš Gichner, Irena Žnidar, Jiřina Száková (2008) Evaluation of DNA damage and mutagenicity induced by lead in tobacco plants. Mutation Research 652: 186–190. [PDF]
Tomáš Gichner, Zdeňka Patková, Jiřina Száková, Irena Žnidar, Anita Mukherjee (2008) DNA damage in potato plants induced by cadmium, ethyl methanesulphonate and gamma-rays. Environmental and Experimental Botany 62: 113-119. [PDF]
Strgulc-Krajšek S, Dermastia M, Jogan N (2006) Determination key for Central European Epilobium species based on trichome morphology. Bot. Helv., 2006, vol. 116, str. 169-178. [COBISS.SI-ID 1646159] [PDF]
Razinger J, Dermastia M, Drinovec L, Drobne D, Zrimec A, Dolenc Koce J (2006) Antioxidative responses of duckweed (Lemna minor L.) to short term copper exposure. Environ. sci. pollut. res. int., 2006, http://dx.doi.org/10.1065/espr2006.11.364. [COBISS.SI-ID 1653839]
Obradovič M, Strgulc-Krajšek S, Dermastia M, Kreft S (2006) A new method for the authentication of plant samples by analyzing fingerprint chromatograms. Phytochem. anal., 2006, http://dx.doi.org/10.1002/pca.960. COBISS.SI-ID 1650767]
Anžlovar S, Gruden K, Rogelj B, Štrukelj B, Dermastia M (2006) Molecular characterization of the linusitin-like gene family from flax. International Journal of Plant Science 167(2): 231-238. [PDF]
Kladnik A, Chourey PS, Pring DR, Dermastia M (2006) Development of the endosperm of Sorghum bicolor during the endoreduplication-associated growth phase. Journal of Cereal Science 43: 209-215. [PDF]
Anderluh G, Beseničar M, Kladnik A, Lakey JH, Maček P (2005) Properties of nonfused liposomes immobilized on an L1 Biacore chip and their permeabilization by a eukaryotic pore-forming toxin. Analytical Biochemistry 344: 43-52. [PDF]
Kladnik A, Chamusco K, Chourey PS, Dermastia M (2005) In situ detection of programmed cell death in the maize caryopsis. Periodicum biologorum 107(1): 11-16.
Kladnik A, Chamusco K, Dermastia M, Chourey P (2004) Evidence of Programmed Cell Death in Post-Phloem Transport Cells of the Maternal Pedicel Tissue in Developing Caryopsis of Maize. Plant Physiology 136: 3572-3581. [PDF]
Kladnik A, Vilhar B, Chourey PS, Dermastia M (2004) Sucrose synthase isozyme SUS1 in the maize root cap is preferentially localized in the endopolyploid outer cells. Canadian Journal of Botany 82: 96-103. [Povzetek in slike]
Strgulc-Krajšek S, Jogan N (2004) Epilobium ciliatum Raf., a new plant invader in Slovenia and Croatia. Acta Bot. Croat., 2004, vol. 63(1), 49–58. [PDF]
Anžlovar S, Dermastia M (2003) The Comparative Analysis of Osmotins and Osmotin-Like PR-5 Proteins. Plant Biology 5: 116-124. [Povzetek]
Dolenc Koce J, Vilhar B, Bohanec B, Dermastia M (2003) Genome size of Adriatic seagrasses. Aquatic Botany 77: 17-25. [PDF]
Vilhar B, Vidic T, Jogan N, Dermastia M (2003) Genome size and the nucleolar number as estimators of ploidy level in Dactylis glomerata in the Slovenian Alps. Plant Systematics and Evolution 234: 1-13. [PDF]
Vilhar B, Dermastia M (2002) Standardisation of instrumentation in plant DNA image cytometry. Acta Botanica Croatica 61: 11-26. [PDF]
Vilhar B, Kladnik A, Blejec A, Chourey PS, Dermastia M (2002) Cytometrical Evidence That the Loss of Seed Weight in the miniature1 Seed Mutant of Maize Is Associated with Reduced Mitotic Activity in the Developing Endosperm. Plant Physiology 129: 23-30. [PDF]
Vilhar B, Greilhuber J, Dolenc Koce J, Temsch EM, Dermastia M (2001) Plant Genome Size Measurement with DNA Image Cytometry. Annals of Botany 87: 719-728. [PDF]

Opomba: PDF-ji na tej strani so lastni arhiv avtorjev člankov in so enakovredni separatom poslanim po pošti. Namenjeni so le za enkraten iztis. Pošiljanje PDF datotek po e-mailu, elektronsko shranjevanje na javno dostopnih mestih in objavljanje na drugih internetnih straneh NI DOVOLJENO.